南京工业大学美育工作机构现设置有美育工作领导小组与美育教育中心。

美育工作领导小组统筹全校美育工作，构建并完善南京工业大学“大美育”育人体系，制定学校美育工作实施方案，推进落实美育教师队伍建设、课程体系建设、美育实践体系建设、经费保障建设等系列保障配套条件，完成上级相关教育行政管理部门的考核。美育工作领导小组下设办公室，办公室挂靠教务处。

美育教育中心挂靠教务处，内设美育课程部和美育实践部，执行美育工作领导小组制定的实施方案，负责美育工作的日常建设、管理与保障。